太平洋に浮かぶ孤島・竜宮島。
ある夏の日、不気味な声が突如響く。
「あなたはそこにいますか・・・」

それは正しく未知の生命体
“フェストゥム”による侵攻の合図だった。
突如飛来した金色に輝く美しき“敵”は平和な島を一瞬にして地獄へと変える。

島は武装した要塞へと姿を変え、死力を尽くした抵抗が始まった。
フェスティムに対抗すべき組織されたアルヴィスの司令・皆城公蔵は最適格者である真壁一騎の実戦投入を決断する。
幼馴染みの皆城総士に促されるまま、一騎は人型決戦兵器・“ファフナー”に搭乗し、敵を撃破する。

しかし、その後、フェスティム隠滅を目指す新国連に竜宮島の位置が知られてしまい、
艦隊が竜宮島に向かっていた。それを遮るようにフェスティムが出現。

出撃する一騎に対し、想いを寄せている羽佐間翔子は
「私は、あなたの帰ってくる場所を守っています。」と約束する。
島の防衛ラインを突破し、侵触する敵に対し、翔子は一騎との約束を果たすため
ファフナーマークゼクスに搭乗する。